埔 里聖賢太子宮特別設置了「總營府」，並供奉五營軍的五營元帥及虎爺將軍。
此外，總營府內還有設施如糧倉和馬廄，設計精巧且功能完備，無論是在軍事或信仰功能上，都展現了獨特的歷史意義，成為五營軍設置中的一個典範。

自民國89年（2000年）成立以來，埔里聖賢太子宮的發展經歷了快速擴展。最初，廟內僅供奉太子爺等少數神明，然而，隨著信眾需求的增長，神尊數量逐年增多，至今已有370多尊，並提供各種祈求服務，從而展現廟方對信徒的關懷與庇佑。每年，廟內都吸引著大量信徒前來參拜，成為當地重要的信仰與文化中心。

埔里聖賢太子宮不僅是當地人民的信仰場所，也是社會與歷史的縮影，象徵著傳統宗教與民間信仰的結合，隨著歷史的流轉，這座廟宇的影響力仍在不斷擴大，為信徒提供精神上的支持與庇護，並成為地方文化的重要象徵。